En este cómo doy los pasos para convertir un archivo flv a un archivo mpg usando el programa ffmpeg.
$ sudo apt-get install ffmpeg
Ya instalado el ffmpeg procedo a convertir los archivos flv que deseo, abriendo un terminal y dando como parámetros el archico que deseo convertir y el nombre del archivo mpeg resultante
ffmpeg -i tu_archivo.flv tu_nuevo_archivo.mpeg
